La nascita ufficiale dell'Università di Pisa risale al 3 settembre 1343 quando Papa Clemente VI, con la bolla "In supremae dignitatis" emessa a Villanova presso Avignone, concesse allo Studio Pisano il riconoscimento di Studio Generale dotato degli insegnamenti di teologia, diritto canonico e civile, medicina "et qualibet alia licita facultate". Nel 1355 seguì il diploma di riconoscimento dell'imperatore Carlo IV.
I primi decenni di vita dello Studio non furono certamente facili anche per le gravi difficoltà economiche, legate alle vicende politiche e sociali della città, passata sotto i Visconti nel 1399 e conquistata dalla Repubblica di Firenze nel 1406. Nel 1449 l'Università finì addirittura per essere chiusa. Tra la fine del Quattrocento e per tutto il secolo successivo, l'Ateneo conobbe fasi alterne di crisi e di espansione sempre connesse ai fatti politici toscani.
Fu Lorenzo de' Medici a volere la ricostituzione dello Studio Pisano che riaprì nel 1473. In questo periodo l'Ateneo non aveva una sede ufficiale e le lezioni venivano svolte nelle case degli insegnanti e nelle chiese, fino a quando, di fronte al costante aumento degli studenti Lorenzo il Magnifico ordinò la costruzione, nella Piazza del Grano, di un edificio ad hoc, il futuro Palazzo della Sapienza.. Ma dopo lo spostamento a Firenze dell'Ateneo nel 1497 a seguito della ribellione di Pisa contro la città fiorentina, la riapertura dell'Università a Pisa avvenne solo nel 1543 grazie al duca Cosimo I dei Medici. E' di questo periodo l'istituzione di una Cattedra dei "Semplici" (Botanica) che fu ricoperta dal Luca Ghini, fondatore dell'Orto botanico. Nel 1589, per tre anni prima di trasferirsi a Padova, Galileo Galilei fu docente di Matematica dell'Ateneo dopo esserne stato studente . la sua iscrizione all'Università di Pisa risale all'incirca al 1580.
Nei secoli successivi l'Ateneo subì gli effetti della decadenza del Granducato dei Medici, per poi riprendersi sotto la dinastia dei Lorena, che portarono a termine la costruzione della Specola, svilupparono l'Orto Botanico e il Museo di Scienze naturali e istituirono nuove cattedre, tra cui Fisica sperimentale e chimica.
Cambiamenti
Negli anni successivi non vi furono sostanziali cambiamenti fino all'annessione della Toscana all'impero napoleonico che portò alla trasformazione dello Studio in Accademia imperiale, succursale dell'Università di Parigi. Vennero istituite cinque Facoltà (Teologia, Giurisprudenza, Medicina, Scienze e Lettere) e furono introdotti gli esami di profitto, le tesi di laurea e i diversi titoli di studio. L'eredità napoleonica non venne completamente annullata dalla Restaurazione di Ferdinando III, anche se si tornò agli antichi collegi docenti di Teologia, Giurisprudenza e Medicina. Al modello napoleonico fece riferimento anche l'operato di Leopoldo II, che tra il 1824-1838 cercò di potenziare i laboratori di ricerca e il perfezionamento all'estero dei ricercatori. Fu grazie a un suo sussidio che Ippolito Rosellini partecipò alle spedizioni archeologiche in Egitto con Champollion.
Il primo congresso
Nel 1839 Pisa ospitò il primo congresso degli scienziati italiani a cui parteciparono oltre 400 studiosi nelle varie discipline e si propose alla comunità nazionale come luogo di grande apertura intellettuale e politica. Proprio in questo periodo l'Ateneo fu al centro di un'importantissima riforma, voluta dal nuovo Provveditore Gaetano Giorgini, che portò a sei le Facoltà: Teologia, Giuirisprudenza, Lettere, Medicina, Matematica e Scienze naturali. I circa 600 studenti iscritti, di cui un centinaio stranieri, potevano usufruire di un'offerta didattica di una cinquantina di insegnamenti articolati in 9 corsi di laurea o di licenza. Inoltre furono chiamati insegnanti molto noti, tra di cui alcuni esuli politici, per insegnare materie nuove. In particolare venne istituita la nuova cattedra di Agraria e Pastorizia affidata a Cosimo Ridolfi.
In questi anni l'Università fu pervasa da ideali liberali e patriottici che trovarono la loro massima espressione nella partecipazione di un battaglione universitario, formato da docenti e studenti, nella famosa battaglia di Curtatone e Montanara nel 1848.
Lo Stato Italiano
Con l'avvento dello Stato Italiano, la legge 31 luglio 1862 riconobbe l'Ateneo pisano come una delle sei Università primarie nazionali, insieme a Torino, Pavia, Bologna, Napoli e Palermo. Nel 1873 venne soppressa la Facoltà di Teologia. Tra la seconda metà dell'Ottocento e i primi anni del Novecento insegnarono a Pisa eminenti docenti tra cui i giuristi Francesco Carrara e Francesco Buonamici, i filologi Domenico Comparetti e Giovanni D'Ancona, gli storici Pasquale Villari, Gioacchino Volpe e Luigi Russo, il filosofo Giovanni Gentile, l'economista Giuseppe Toniolo, i matematici Ulisse Dini e Antonio Pacinotti.
In epoca post-unitaria l'Ateneo si aprì alle donne e nel 1891 Cornelia Fabri di Ravenna conseguì la prima laurea, in Matematica.
L'Università di Pisa fu riconosciuta come Ateneo di rango anche dalla riforma Gentile nel 1923. Nel corso del Novecento l'Ateneo ha continuato ad accrescersi, e sono state istituite le facoltà di Ingegneria e Farmacia e dopo la seconda guerra mondiale le Facoltà di Economia e Commercio, Lingue e Letterature Straniere e Scienze Politiche. Nel 1969 a Pisa è nato il primo corso di laurea in informatica e nel 1983 il primo corso di dottorato in informatica.
Con l'avvento della legge 9 maggio 1989 n. 168, è stata riconosciuta l'autonomia universitaria (normativa, amministrativa, finanziaria e didattica) e l'Università di Pisa ha adottato un proprio Statuto e propri Regolamenti.
A seguito della Riforma Gelmini l'Ateneo Pisano sta vivendo un periodo di profondo cambiamento, a cominciare dall'adozione del nuovo Statuto e dal nuovo assetto che ha visto la nascita di venti nuove strutture Dipartimentali.
